Einfach mit avconv :
avconv -i <input> -acodec <codec> -map 0:1 <output>
codec : wenn’s geht : copy, als output format ogg
avconv -i <input> -acodec copy -map 0:1 <output.ogg>
wenn’s mp3 sein muss :
avconv -i <input> -acodec libmp3lame -map 0:1 <output.mp3>
oder besser flac :
avconv -i <input> -acodec flac -map 0:1 <output.flac>